El Tren Maya podría causar la deforestación de 2,500 hectáreas de selvas húmedas y secas en 13 áreas naturales protegidas, y poner en riesgo a 170 especies, incluyendo al oso hormiguero y al mono aullador.

Greenpeace estima que se han talado más de 10 millones de árboles desde el inicio de la construcción, alertando sobre la posible contaminación de agua limpia debido a derrames y filtraciones, afectando un sistema geológico único con 2,400 pozos de agua.

El Tramo 5 ha sido polémico por la perforación de antiguas cuevas en la Península de Yucatán y el daño a estalactitas milenarias, con activistas denunciando la falta de estudios de impacto ambiental y llamándolo un "ecocidio". El presidente López Obrador ha criticado a los activistas, llamándolos pseudoambientalistas.

El biólogo y fotógrafo Fernando Martínez Belmar ha documentado el daño al ecosistema y el impacto en la vida de la fauna silvestre, mostrando la devastación causada por el proyecto en una serie de imágenes.

El Gobierno de México ha creado nueve áreas naturales protegidas sumando 1.34 millones de hectáreas, incluyendo la Región Gran Calakmul, la segunda reserva de selva tropical más grande del mundo, para mitigar el impacto ambiental del Tren Maya.

Además de la deforestación, el impacto ambiental del Tren Maya incluye la generación de ruido que desorienta a los murciélagos y el bloqueo del libre tránsito de animales, incrementando las muertes por atropellamientos.

Con información de Periodic.